Vruchtboomkanker richt zich vooral op vruchtbomen, maar kan ook andere bomen waaronder de es aantasten.
Vruchtboomkanker wordt veroorzaakt door de schimmel Nectria galligena.
Deze schimmel bereikt de boom door wonden in de boom, veroorzaakt door bijvoorbeeld snoeien en vorstscheuren. De schimmel vestigt zich in het weefsel van de boom. Hierop reageert de boom door het vormen van wondweefsel rond de aangetaste plek. Dit remt de schimmel enigszins.
Door hernieuwde scheurtjes in de bast, kan de schimmel zich echter weer verder ontwikkelen. Dit heeft een een verdikking van het kankerweefsel tot gevolg. Door dit proces wordt de scheutgroei vertraagd en kan de tak mogelijk afbreken. Als de schimmel zich vestigt in de hoofdtak van de boom, zal deze waarschijnlijk afsterven.